Шестой год в Хогвартсе проходит под знаком нарастающей угрозы: Волан-де-Морт и его Пожиратели смерти усиливают атаки на магический и магловский миры. Директор Дамблдор посвящает Гарри Поттера в тайну крестражей — объектов, в которых Темный Лорд спрятал части своей души, чтобы обрести бессмертие. Вместе они исследуют прошлое Волан-де-Морта через воспоминания, надеясь найти ключ к его уничтожению.
Гарри получает старый учебник зельеварения с загадочными пометками «Принца-полукровки», которые делают его звездой класса. Однако магические советы из книги оказываются опасными, а её авторство становится главной загадкой. Тем временем Драко Малфой, одержимый тайной миссией от Волан-де-Морта, пытается восстановить честь семьи, рискуя жизнью.
Романтические линии усложняют отношения героев: Гарри влюбляется в Джинни Уизли, Рон переживает бурный роман с Лавандой Браун, а Гермиона борется с ревностью. На фоне этого школа превращается в поле битвы: доверие к профессору Снейпу, связанному с Пожирателями смерти, ставится под сомнение, а Дамблдор скрывает смертельную рану, полученную при поиске крестража.
Кульминация наступает, когда Гарри и Дамблдор отправляются за очередным крестражем, но попадают в ловушку. Вернувшись в Хогвартс, они сталкиваются с предательством: Драко, выполнив задание, впускает в школу Пожирателей смерти. В схватке Снейп убивает Дамблдора, раскрывая себя как «Принц-полукровка», и скрывается с врагами. Гарри клянется продолжить борьбу в одиночку, обнаружив, что один из крестражей — подделка.
